Първият мъжки отбор по хандбал към обединеното дружество ЦСКА ,,Червено знаме“ е създаден през месец април 1964 г., воден от Михаил Сърбинов, по това време все още студент във ВИФ ,,Г.Димитров“.
Първият женски хандбален отбор е събран от състезателки от други спортове. За треньор на женския отбор е назначен Тотю Вълчев, който участва и като сътезател при мъжете.
През 1965 г. юношите на ЦСКА печелят първите медали (сребърни). През 1969 г. се извършва обединението на ЦСКA “Червено знаме“ и Септември. През 1970г. почти всички отбори от подрастващите юноши и девойки печелят челните места.
10 години след създаването на хандбала в ЦСКА, клубът печели и първата си титла. Шампион през 1973г. става женският отбор. Постепенно и мъжкият отбор започва да взима надмощие и през 1976 год. ЦСКА печели първа шампионска титла при мъжете.
Последните сериозни успехи са през 2002г., когато мъжкият отбор печели Купата на България, а юношите печелят златните медали.
В женския профил последните успехи са достигане до финална четворка в първенството и до полуфинали за Купата на България.
Финансовото състояние на клуба води до закриване на отборите от женския профил, а в последствие и на представителния отбор мъже.
В последно време успехите на ХК ЦСКА са свързани с отборите от най-малките възрастови групи.